Основными приоритетными направлениями деятельности Института льна НАН Беларуси ныне являются:

• Создание новых высокопродуктивных сортов льна-долгунца различных групп спелости и высокоурожайных, с высоким содержанием жира, сортов льна масличного, имеющих высокие технологические и пищевые качества масла.
• Первичное семеноводство районированных и перспективных сортов льна-долгунца и льна масличного.
• Разработка экологически безопасных, ресурсосберегающих технологий возделывания и уборки новых и перспективных сортов льна-долгунца и льна масличного в условиях Республики Беларусь.
• Разработка агротехнических приемов повышения урожайности и качества льнопродукции и снижение себестоимости производства льняной продукции.
• Мониторинг морфофизиологического и фитосанитарного состояния посевов льна-долгунца.
• Совершенствование приемов управления процессами, происходящими при вылежке льняной соломы.
• Внедрение научных разработок в сельскохозяйственное производство, повышение квалификации кадров льноводческой отрасли.